Škrtel lớn lên ở Raztocno. Anh bắt đầu chơi bóng từ khi 6 tuổi; mặc dù có năng khiếu về môn hockey trên băng, song anh lại theo nghiệp của cha. Anh là em út trong gia đình có 3 chị em, với một người anh trai là Dusan và chị gái Marcela.

Škrtel chơi ở vị trí hậu vệ cánh hoặc tiền đạo cho tới khi 16 tuổi khi anh được đề nghị chơi ở vị trí trung vệ cho đội trẻ Slovakia. Anh chấp nhận mặc dù chưa bao giờ chơi ở vị trí này.

Trencin

Skrtel bắt đầu sự nghiệp thi đấu chuyên nghiệp ở FK AS Trencin. Anh chơi 45 trận ở đây từ năm 2001 đến năm 2004.[3]

Zenit Saint Petersburg

Skrtel chơi trận đấu đầu tiên cho FK Zenit Sankt Petersburg ở giải vô địch quốc gia Nga vào ngày 31 tháng 7 năm 2004.Anh nói rằng sự hiện diện của các cầu thủ người Slovakia và Séc ở đây giúp anh nhanh chóng thích nghi với đội bóng mới.anh chơi 113 trận và ghi 5 bàn cho câu lạc bộ. Valencia, Tottenham Hotspur, Everton, và Newcastle United đều cho biết đã quan tâm tới anh, nhưng cuối cùng anh đã ký hợp đồng với Liverpool vào tháng 1 năm 2008.

Liverpool

Skrtel đến Liverpool vào ngày 11 tháng 1 năm 2008 trong một bảng hợp đồng 4,5 năm với mức giá 6,5 triệu bảng Anh. Sau khi hoàn thành bản hợp đồng, huấn luyện viên Rafael Benítez nói:

"Cậu ấy rất năng nổ, nhanh nhẹn, tranh bóng bổng tốt và tôi nghĩ sẽ là một cầu thủ rất tốt cho tương lai và cả hiện tại. Tính cạnh tranh của cậu ấy là rất cao, nhưng sự bình tính của cậu ấy theo tôi cũng là rất cao."

Anh có trận đấu đầu tiên trong trận tiếp Aston Villa và đeo áo số 37 cho Liverpool. Benítez cũng so sánh Škrtel với hậu vệ hiện tại của Liverpool là Jamie Carragher.

Vào 26 tháng 1 năm 2008, Škrtel có trận đấu đầu tiên chơi đầy đủ cho Liverpool ở vòng 4 cúp FA tiếp Havant & Waterlooville, khi anh đã không may tạo ra 1 quả phạt góc cho đối phương và từ tình huống đó Liverpool bị dẫn 1-0, cũng như 1 cú đốt lưới nhà khiến Liverpool bị dẫn 2-1 trước khi cân bằng tỉ số. Nhưng anh lại có một màn trình diễn tuyệt vời trong trận tiếp Chelsea ở giải nội địa, với những pha chặn và phá bóng tốt, và được bầu là cầu thủ xuất sắc nhất trận theo bình chọn của cổ động viên Liverpool.Cổ động viên Liverpool bắt đầu tin tưởng ở Škrtel kể từ màn trình diễn trong trận đó và anh hiện được coi là một nhân tố chủ chốt trong đội hình.

Skrtel có một khởi đầu sáng lại ở mùa giải 2008-09, ra sân tất cả các trận và đẩy Daniel Agger lên ghế dự bị. Anh có nhiều trận đấu thành công cùng Jamie Carragher trước các đội bóng mạnh như Manchester United, Everton và Olympique Marseille.

Vào ngày 5 tháng 10 năm 2008, anh bị dính một chấn thương trong trận Liverpool thắng 3-2 trước Manchester City trong một pha phá bóng vụng về và bị ngã khiến anh phải rời sân bằng cáng.Martin khi đó rất đau và sốc, trong khi anh đang được đưa khỏi sân, anh phải thở bằng sự trợ giúp của máy thở.Sau đó được biết anh đã bị đứt dây chằng chữ thập.Anh trở lại vào ngày 28 tháng 12 năm 2008, khi vào sân trong trận tiếp Newcastle United.